Sant Joan les Fonts abasta un territori de 31,82 Km2. El sector septentrional limita amb els termes de la Vall de Bianya, Montagut i Castellfollit de la Roca. A l’est amb Montagut i Sant Jaume de Llierca i al sud amb Santa Pau. Pel sud oest limita amb Olot. Sant Joan està a una alçada de 342 m. És un municipi majoritàriament accidentat. El seu nom prové de les abundants deus que brollen pels volts del monestir de Sant Joan. Es troba a la carretera GI 522 que va de Castellfollit al nucli de la Canya. Té un brancal que l’uneix amb Olot i un altre, pel túnel de Capsacosta, a Camprodon i Ripoll. Sant Joan les Fonts és un exemple del desenvolupament industrial sorgit a l’entorn dels rius. Les velles indústries tèxtils i papereres van conformar un paisatge a l’entorn del Fluvià, la tradició industrial que es conjunta amb altres atractius culturals i paisatgístics . La població s’assenta sobre una colada basàltica que és un dels grans atractius naturals de la població. Hi ha tres àrees o nuclis que integren el municipi amb caràcter molt diferenciat, el nucli urbà de Sant Joan, les planes de Bianya i la de Beguda i la tercera àrea és la de la Canya, un nucli que Sant Joan comparteix amb Olot i la Vall de Bianya. Beguda era la capital fins al 1950, i donava el nom al municipi, amb la revolució industrial van agafar protagonisme els rius i Sant Joan les Fonts va assumir l’administració i va donar nom al municipi. Les planes de Bianya són eminentment rurals. Actualment a Beguda és on hi ha les principals indústries del terme. L’activitat industrial tradicionalment ha tingut un pes molt significatiu en el conjunt de la comarca. El percentatge d’ocupats en el sector industrial supera la meitat dels ocupats totals del municipi. Aquest sector continua creant llocs de treball. Sant Joan ocupa el numero ú en el sector d’activitat econòmica a la comarca.
Pel que fa al nucli de Sant Joan cal destacar la Plaça Major, els carrers Santa Magdalena i Sant Antoni, i la carretera d’Olot. Aquesta zona és el centre administratiu i comercial de la població.En aquesta zona es troben els equipaments mes representatius com són:L’ajuntament, la radio i l’oficina de turisme, la llar social, el dispensari. A l’entrada est de la població s’hi emplaça la zona esportiva.